元明清时，治理运河的最高机构设在了济宁

 济宁 地处京杭运河中段，是运河全线的制高点，又处于运河与黄河的交汇处，黄河泛滥，泥沙淤积、位置险要。元明清三朝都把治理运河的最高机构设在了 济宁 。

元代运河开通后，在 济宁 设有开浚大臣，还设置了都水监(从三品)，行都水监和总治河防续，官阶最高的为总正一品。明代在 济宁 设总理河道、总督河道、经理河漕、总漕兼河道、巡抚兼河道等，简称总河，均由朝廷钦命署理，为运河最高行政管理机构，是朝廷六大部外增设的一个部院级的朝廷直属机构。秩正二品，但不乏正一品，从一品大员充任。

明朝罢海运，运河成为全国唯一的水上运输命脉。永乐九年(1411年)，工部尚书宋礼首任总理河道，驻节 济宁 ，建立了总督河道都御史衙门，府衙设在 济宁 城内(今古槐街路西、院口街北)。永乐十五年(1417年)设置了运河总兵官，总管运河航道和漕运。 景泰 二年(1451年)，又设置了漕运总督，住 淮安 ，于运粮总兵官共同管理漕务。成化七年(1471年)后，河、漕分工，总河管航道，总漕管漕政。弘治年间两机构时分时合。成化八年(1472年)设衙史一员，管理 济宁 至 南京 航道。隆庆三年(1567年)始设巡漕衙史。总河以下实行分段分级管理。万历三年(1567年)钦定道一级机构，秩四品，为总河下属常设机构， 济宁 设两个道，道下设司，即布政司、按察司，有二司衙4个(现 济宁 察院街可寻)。在南旺、夏镇、 济宁 还设河道同知衙门，即运河厅，河道同知为 山东 运河道分署机构。同时在 济宁 还设专管河泉同知、通判，闸坝官及管河指挥等。

清朝派驻 济宁 的司运机构大多沿袭了明朝制。设总河部院，钦命署理，秩正二品。顺治初年，仅设有河道总督一人，又称总河，综理黄河、运河两河事务，驻 济宁 州。雍正八年(1730年)总河一分为三： 江南 河总督驻 淮安 ，称南河； 河南 、 山东 河道总督驻 济宁 州，称 东河 ；直隶河道总督驻 天津 ，称北河。这样的建制一直延续到清光绪年间罢河停运。